Ketika ayahandanya, Sultan Alamuddin berpindah ke Senapelan untuk mengelakkan pengaruh Belanda, Muhammad Ali turut serta. Senapelan berkembang pesat di bawah kawalan Sultan Alamuddin, malah berjaya menutup perniagaan Belanda di Mempura. Sultan Alamuddin mangkat di Senapelan pada tahun 1766 dan Tengku Muhammad Ali naik takhta dengan gelaran Sultan Muhammad Ali Abdul Jalil Muazzam Syah. Ia meneruskan usaha ayahnya membina bandar Senapelan yang kemudiannya dikenal sebagai Pekanbaru.[3] Bandar ini menjadi pusat perdagangan di hulu sungai Siak, bahkan para saudagar dari Petapahan mulai berniaga ke Senapelan[4].